Nun, ich selbst nutze ja keinerlei Microsoft und brauche deshalb auch keinen GHOST, entsprechend gering sind meine Erfahrungen.
Im beruflichen Umfeld habe ich es hauptsächlich mit NT und XP zu tun und die benutzen beide MBR. (Ich las, dass ab Win-7 GPT benutzt wird).
Bei XP nutzen wir seit einiger Zeit GHOST. Alle Systeme sind so aufgeteilt, dass Daten entweder auf Partition D oder einer zweiten Platte D liegen und niemals in ein System-Backup integriert werden. Dieser beinhaltet also immer nur C, das entweder eine Partition oder eine komplette Festplatte ist.
Dazu sollte ich sagen, dass wir (meine Kollegen und ich) diese Systeme nicht installieren und auch nicht verändern dürfen. Die PCs kommen fertig mit OS und SW und wir sichern nur nach Anweisung. Eine Wiederherstellung ist sehr selten, doch es zeigte sich offenbar gelegentlich, dass die GHST Sicherung versagte, weil anschließend kein D mehr vorhanden war. Diese Erfahrung habe ich nie selbst gemacht, doch ich sah mir vorsorglich ein ähnliches System mal an und da fand ich zum Beispiel so etwas:
fdisk:Der zugehörige Code aus dem MBR zeigt es vielleicht noch deutlicher:
Oder, falls dies hier nicht so gut dargestellt wird, vielleicht parted:

Die ERSTE Partition ist hier eine erweiterte! In ihr liegt die logische DRITTE, die dann D wird.
Die ZWEITE Partition ist die primäre und das wird C.

Was ich mir nun vorstelle, ist dies:
Bei der Sicherung der Partition C wird entweder der MBR der Platte gar nicht mitgenommen und anschließend bei der Wiederherstellung die neue Platte komplett als eine primäre Partition für C genommen, oder, es wird nicht der MBR der erweiterten Partition mitgesichert (der ja auch nicht auf C liegt) und somit verschwindet bei der Wiederherstellung die Partition D.
Wie gesagt, bei mir selbst ist das Problem noch nicht aufgetreten und es wurde bei uns eine Lösung dafür gefunden (klar, für uns wäre das auch kein Problem mit Knoppix und gparted kann fast jeder beinahe alles), deshalb bleibt es nur eine Vermutung. Allzu gerne würde ich mir sowas mal ansehen und verifizieren.

Nun gut.
Das sollte nur ein Beispiel dafür sein, dass man lieber vorsichtig mit allzu forschen recovery-Versuchen sein sollte, wenn man das laufende System nicht grundsätzlich aufzugeben bereit ist.

Wenn nun die Recovery-DVDs tatsächlich eine neue Platte proportional neu partitionieren, halte ich das für ein starkes Stück Unsinn!
Solche Fragestellungen sollten doch immer dem installierenden Sysadmin und seiner wohldurchdachten Entscheidung unterliegen. Einfach mal halbe - halbe ist doch wirklich untauglich. Da sollte dann lieber eine fixe Größe für eine Partition und der jeweilige Rest für die andere genommen werden (wobei mir der Sinn dafür auf einem privaten PC auch nicht ganz einleuchtet: beides ist auf der gleichen Platte und stirbt die, sind beide weg. Beide sind immer zugänglich (automatisch gemountet), ist eine infiziert, bleibt die andere nicht geschützt und so weiter).
Jedenfalls kann dann auch für diese Situation gelten, dass es nicht verkehrt ist, sich den MBR vorher anzusehen und vielleicht zu sichern. Dann kann vielleicht sogar entgegen der Absicht des Recovery-Systems eine eigene Wunschaufteilung realisiert werden.

Mein Einwand bezog sich aber eher darauf, dass durch ein Recovery-Image, das vielleicht nicht funktioniert oder nicht wie gewünscht läuft, die ursprüngliche Partitionierung eines laufenden Systems zerstört wird und dann eine Wiederherstellung vielleicht nicht gelingt, weil das Szenario doch etwas komplizierter aussieht, als man denkt. Da wollte ich aus meiner Erfahrung heraus nur zu etwas Vorsicht mahnen.